Obaveza izdavanja eFakture postoji i po osnovu naplate avansa za budući promet po osnovu kojeg se izdaje elektronska faktura. Ovde se postavlja pitanje da li obveznik PDV ima obavezu da po osnovu svake avansne uplate izda elektronsku fakturu (u onim slučajevima kada postoji obaveza primene ZEF-a za konkretnu transakciju), s obzirom da je članom 165. Pravilnika o PDV propisano da obveznik PDV nema obavezu izdavanja avansnog računa ako je u istom poreskom periodu obveznik PDV primio avans i izvršio promet za koji je primio avans.
Kao i kod ostalih izuzetaka od obaveze izdavanja računa propisanih propisima o PDV, ni ovaj izuzetak nije propisan ZEF-om, pa se odatle može zaključiti da postoji obaveza izdavanja efakture po osnovu primljenog avansa i u ovim slučajevima.
Međutim, ovo pitanje je do skoro bilo vrlo sporno u praksi i mnogi obveznici su se pozivali na propise o PDV i nisu izdavali avansne račune, a sa druge strane se predstavnici Ministarstva finansija nisu izjašnjavali po tom pitanju.
Ipak, Ministarstvo finansija je dalo zvanično mišljenje u kojem je zauzelo stav da obaveza izdavanja elektronske fakture postoji nezavisno od toga da li se promet vrši u istom poreskom periodu kada je primljen avans ili u nekom narednom periodu, čime je ovo pitanje definitivno dobilo odgovor.
Iz Mišljenja Ministarstva finansija, br. 011-00-601/2022-41 od 25.7.2022. godine:
"Saglasno navedenom, počev od 1. maja 2022. godine subjekt privatnog sektora dužan je da izda elektronsku fakturu subjektu javnog sektora u skladu sa ZEF. S tim u vezi, u slučaju kada subjekt privatnog sektora izda profakturu (predračun) subjektu javnog sektora u cilju naplate naknade za budući promet dobara ili usluga koji će izvršiti taj subjekt privatnog sektora, subjekt privatnog sektora dužan je da izda elektronsku fakturu subjektu javnog sektora po osnovu primljenog avansa ako je datum prijema avansa raniji od datuma prometa. nezavisno od toga da li će promet dobara ili usluga biti izvršen u istom ili drugom poreskom periodu (određenom u skladu sa zakonom kojim se uređuje porez na dodatu vrednost) u odnosu na poreski period u kojem je primljen avans."
Pored navedenog, Pravilnikom o PDV, članom 166, propisano je i da ne postoji obaveza izdavanja avansnog računa po osnovu naplate avansa za promet za koji je poreski dužnik primalac dobara i usluga saglasno članu 10. stav 2. Zakona o PDV (npr. promet iz oblasti građevinarstva i dr).
Međutim, iz istog razloga kao i u prethodno pomenutim slučajevima, ni ovde nema osnova za tvrdnju da po osnovu naplate avansa ne postoji obaveza izdavanja eFakture, pa je preporuka da se i po osnovu naplate avansa za ovaj promet izdaje elektronske fakture (u onim slučajevima kada je izdavanje eFakture obavezno, što je sada slučaj sa prometom koji vrše subjekti javnog sektora subjektima javnog ili privatnog sektora, odnosno subjekti privatnog sektora subjektima javnog sektora).